En primer lugar, se parte de la consideración de que las entidades intervinientes en el proceso de fusión se acogieron al régimen fiscal especial previsto en la normativa del Impuesto sobre Sociedades relativo a las operaciones de reestructuración. Por otra parte, aunque en el escrito de consulta se hace mención a la Ley 27/2014, de 27 de noviembre, la normativa aplicable en el ejercicio 2014 objeto de esta consulta es el Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades 4/2004, de 5 de marzo, que es el que tendremos en consideración.
En relación a la compensación de las bases imponibles negativas, pendientes de compensación de la entidad transmitente, el artículo 90.3 del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades aprobado por Real Decreto Legislativo 4/2004, de 5 marzo (en adelante TRLIS) establecía que:
“3. Las bases imponibles negativas pendientes de compensación en la entidad transmitente podrán ser compensadas por la entidad adquirente.
Cuando la entidad adquirente participe en el capital de la entidad transmitente, o bien ambas formen parte de un grupo de sociedades al que se refiere el artículo 42 del Código de Comercio, la base imponible negativa susceptible de compensación se reducirá en el importe de la diferencia positiva entre el valor de las aportaciones de los socios, realizadas por cualquier título, correspondientes a dicha participación o a las participaciones que las entidades del grupo tengan sobre la entidad transmitente, y su valor contable.
En ningún caso serán compensables las bases imponibles negativas correspondientes a pérdidas sufridas por la entidad transmitente que hayan motivado la depreciación de la participación de la entidad adquirente en el capital de la entidad transmitente, o la depreciación de la participación de otra entidad, en esta última cuando todas ellas formen parte de un grupo de sociedades al que se refiere el artículo 42 del Código de Comercio.”
Por tanto, las bases imponibles negativas de la sociedad S, podrían ser compensadas en sede de la entidad consultante, con los requisitos y limitaciones establecidos en el artículo 90.3 del TRLIS transcrito, en la medida en que la operación de fusión planteada se pudiera haber acogido al régimen fiscal especial previsto en el TRLIS.
Por otra parte, de acuerdo con los datos de la consulta, la entidad absorbente no ha aplicado la compensación de las bases imponibles negativas procedentes de la entidad absorbida en la autoliquidación correspondiente al periodo impositivo 2014.
En este sentido, el apartado 4 del artículo 119 de la LGT establece que:
“4. En la liquidación resultante de un procedimiento de aplicación de los tributos podrán aplicarse las cantidades que el obligado tributario tuviera pendientes de compensación o deducción, sin que a estos efectos sea posible modificar tales cantidades pendientes mediante la presentación de declaraciones complementarias o solicitudes de rectificación después del inicio del procedimiento de aplicación de los tributos.”.
A la vista de lo anterior, de acuerdo con el artículo 119.4 de la LGT, durante un procedimiento de aplicación de los tributos no es posible presentar declaraciones complementarias o rectificativas para modificar las cantidades pendientes de compensación o deducción. En base a una interpretación a sensu contrario del apartado 4 del artículo 119 de la LGT, en caso de no mediar un procedimiento de aplicación de los tributos, la no aplicación de la compensación de bases imponibles negativas de ejercicios anteriores en la autoliquidación correspondiente al periodo impositivo 2014 efectuada por el consultante (adquirente de la fusión) podrá ser objeto modificación mediante la presentación de una solicitud de rectificación de dicha autoliquidación conforme a lo dispuesto en el artículo 120.3 de la LGT que determina que:
“3. Cuando un obligado tributario considere que una autoliquidación ha perjudicado de cualquier modo sus intereses legítimos, podrá instar la rectificación de dicha autoliquidación de acuerdo con el procedimiento que se regule reglamentariamente.
(…)”.
Conforme a lo anterior, corresponde a la interesada decidir instar la rectificación de la autoliquidación del periodo impositivo 2014 en la que no se ejercitó la compensación.
En este sentido, el procedimiento de rectificación de las autoliquidaciones es objeto de regulación por los artículos 126 al 129 del Reglamento General de las actuaciones y los procedimientos de gestión e inspección tributaria y de desarrollo de las normas comunes de los procedimientos de aplicación de los tributos, aprobado por el Real Decreto 1065/2007, de 27 de julio (BOE de 5 de septiembre), siendo de aplicación, la doctrina de este Centro Directivo sobre la rectificación de las autoliquidaciones, entre otras, las consultas vinculantes con número de referencia V1764-09, de 27 de julio, y V1487-11, de 9 de junio.
En todo caso, los elementos fácticos del supuesto concreto deberán ser valorados, en su caso, por el correspondiente órgano gestor competente de la Administración tributaria para resolver el procedimiento de rectificación de la autoliquidación que, eventualmente, se haya instado.
Lo que comunico a Vd. con efectos vinculantes, conforme a lo dispuesto en el apartado 1 del artículo 89 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria.



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