Hacienda puede revisar el origen del IVA compensado aunque el período ya esté prescrito

Que hayan transcurrido cuatro años no significa necesariamente que Hacienda ya no pueda mirar atrás.

El Tribunal Supremo acaba de aclarar una cuestión especialmente relevante para empresas y autónomos que arrastran saldos de IVA a compensar: la Administración puede comprobar el origen y la cuantía de un saldo de IVA generado en un período respecto del cual ya ha prescrito el derecho a liquidar, si ese crédito fiscal se utiliza en un período posterior que todavía puede ser objeto de regularización.

Así lo establece la Sentencia del Tribunal Supremo 988/2026, de 23 de julio de 2026 (rec. 5852/2023, ECLI:ES:TS:2026:3506).

Prescripción para liquidar no significa imposibilidad de comprobar

La clave está en distinguir dos facultades diferentes de la Administración.

El artículo 66 de la Ley General Tributaria establece, con carácter general, un plazo de cuatro años para que Hacienda determine una deuda tributaria mediante liquidación.

Pero desde la reforma introducida por la Ley 34/2015, la LGT distingue expresamente entre el derecho a liquidar y el derecho a comprobar e investigar.

El artículo 66 bis.2 LGT establece específicamente que el derecho de la Administración a iniciar la comprobación de bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación y deducciones aplicadas o pendientes de aplicación prescribe a los diez años, contados desde el día siguiente a aquel en que finalice el plazo reglamentario para presentar la declaración o autoliquidación del período en que se generó el derecho.

Y el artículo 115 LGT permite que determinadas comprobaciones afecten a hechos y operaciones correspondientes a períodos ya prescritos cuando resulte necesario examinarlos para regularizar una obligación tributaria de un período que todavía no haya prescrito.

¿Qué ha dicho exactamente el Tribunal Supremo?

La discusión estaba en determinar si este régimen también era aplicable al IVA.

La empresa recurrente sostenía que en el IVA no existen técnicamente «cuotas pendientes de compensación» en el mismo sentido que en otros impuestos, sino un saldo resultante del exceso de cuotas soportadas deducibles sobre las cuotas devengadas.

El Tribunal Supremo rechaza esta interpretación.

Considera que el saldo de IVA pendiente de compensación constituye materialmente un auténtico crédito fiscal que el contribuyente pretende utilizar en períodos posteriores.

Por tanto, queda incluido en el régimen del artículo 66 bis LGT.

El Supremo fija como doctrina que, tras la reforma de la Ley 34/2015, Hacienda puede comprobar los saldos pendientes de compensación o los excesos de cuotas soportadas deducibles sobre las cuotas devengadas generados en períodos respecto de los cuales ya haya prescrito el derecho a liquidar, cuando dichos saldos se apliquen en períodos posteriores no prescritos y sea necesario verificar su realidad y cuantía para regularizar estos últimos.

Un ejemplo sencillo

Supongamos que una empresa genera un saldo de IVA a compensar de 40.000 euros.

Posteriormente va utilizando ese saldo en sus declaraciones de IVA.

El hecho de que haya prescrito el derecho de Hacienda a liquidar el período en el que nacieron esos 40.000 euros no convierte automáticamente el crédito fiscal en intocable.

Si una parte de ese saldo se proyecta sobre un período posterior todavía susceptible de regularización, Hacienda puede comprobar si aquel crédito realmente existía y cuál era su cuantía correcta.

Puede, por ejemplo, examinar las operaciones y documentación que dieron lugar a las cuotas soportadas que originaron el saldo.

Lo que no puede hacer es utilizar esa comprobación para practicar una nueva liquidación del período ya prescrito.

La comprobación del pasado únicamente puede desplegar sus efectos sobre el período posterior que todavía se encuentra abierto a regularización.

Esta diferencia es fundamental.

El plazo de diez años

El aspecto más llamativo de la sentencia es la aplicación al IVA del artículo 66 bis.2 LGT.

Este precepto establece un plazo específico de diez años para iniciar la comprobación de estos créditos fiscales.

Por tanto, no debemos identificar automáticamente los cuatro años de prescripción del derecho a liquidar con el período durante el cual Hacienda puede comprobar determinados elementos fiscales que continúan produciendo efectos posteriores.

Ahora bien, existe un matiz importante: los diez años son el límite legal específico del derecho de comprobación previsto en el artículo 66 bis LGT, no un nuevo plazo general de prescripción del IVA.

Además, en el IVA debe tenerse presente el artículo 99.Cinco LIVA, que limita temporalmente la compensación del exceso de cuotas soportadas sobre las devengadas. Por ello, en cada caso concreto habrá que analizar conjuntamente cuándo nació el saldo, cuándo fue compensado y qué período posterior está siendo objeto de comprobación.

No sería correcto afirmar simplemente que «Hacienda puede liquidar diez años de IVA».

No puede.

Lo que puede hacer es mirar hacia un período ya prescrito para verificar un crédito fiscal que está produciendo efectos en otro período que todavía puede regularizar.

Atención a la documentación

La sentencia tiene además una consecuencia práctica especialmente importante.

No resulta prudente destruir automáticamente la documentación justificativa de un saldo de IVA simplemente porque hayan transcurrido cuatro años desde el período en el que se originó.

El artículo 70.3 LGT mantiene expresamente la obligación de justificar la procedencia de datos originados en operaciones realizadas en períodos prescritos cuando continúan afectando a obligaciones tributarias posteriores y, específicamente, en los supuestos contemplados por el artículo 66 bis LGT.

Por tanto, cuando existan saldos de IVA pendientes de compensación o que hayan sido aplicados posteriormente, conviene conservar la documentación necesaria para poder acreditar su origen, realidad y cuantía.

La conclusión

La STS 988/2026, de 23 de julio, consolida una distinción que cada vez tiene mayor importancia en los procedimientos tributarios:

que un período haya prescrito no significa necesariamente que todo lo ocurrido en él haya quedado fuera del alcance de Hacienda.

La Administración ya no podrá liquidar aquel período prescrito.

Pero si de él nació un crédito fiscal que el contribuyente utiliza posteriormente, podrá comprobar su existencia y cuantía cuando sea necesario para regularizar un período posterior no prescrito, dentro de los límites establecidos por el artículo 66 bis LGT.

Y para determinados créditos fiscales, ese derecho de comprobación tiene un plazo legal de diez años.

La consecuencia práctica es clara: prescripción de la liquidación y prescripción de la comprobación ya no son conceptos equivalentes.

Y cuando arrastramos créditos fiscales, conservar correctamente la documentación puede resultar decisivo muchos años después.