En los casos de indebida repercusión de las cuotas tributarias de IVA el Tribunal Supremo ha elaborado una doctrina sobre la necesidad de la regularización íntegra.
La cuestión de interés casacional para la formación de la jurisprudencia consistía en:
"Determinar si en los supuestos en que se practique una regularización por parte de la Administración Tributaria, al considerar que resulta improcedente la repercusión de las cuotas del IVA, dicha regularización debe abarcar tanto a la deducción del IVA indebidamente soportado como a la devolución de las cuotas soportadas, de modo que conlleve el reconocimiento del derecho a la devolución de los ingresos indebidos o, por el contrario, ha de limitarse a la negación de la deducibilidad del IVA soportado por las cuotas indebidamente repercutidas".
La sentencia sienta la doctrina siguiente:
"Teniendo en consideración la cuestión suscitada en el auto de admisión, con arreglo a lo que establece el artículo 93.1 LJCA, procede, en función de todo lo razonado precedentemente, declarar que, en las circunstancias específicas del caso, el artículo 14.2.c) del Real Decreto 520/2005, de 13 de mayo, por el que se aprueba el Reglamento general de desarrollo de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, en materia de revisión en vía administrativa, interpretado a la luz del principio de regularización íntegra, comporta que, cuando en el seno de un procedimiento de inspección la Administración regularice la situación tributaria de quien se dedujo las cuotas de IVA que le fueron indebidamente repercutidas, deberá analizar también la concurrencia de los requisitos necesarios para, en su caso, declarar su derecho a la devolución de las cuotas que indebidamente soportó".
Cuando como resultado de la comprobación en sede del prestador resulten no deducibles todo o parte de las cuotas de IVA soportadas consignadas en su autoliquidación, se produce necesariamente una falta de ingreso efectivo de las cuotas indebidamente repercutidas por un importe equivalente a las cuotas soportadas no deducibles.
En conclusión:
La consignación de las cuotas indebidamente repercutidas en la autoliquidación presentada por la persona o entidad que las repercute, sea cual sea el resultado de dicha autoliquidación, determina que aquéllas se tengan por ingresadas siempre que las cuotas soportadas o satisfechas declaradas por aquella sean deducibles. En caso de no serlo, no podrán considerarse ingresadas las cuotas indebidamente repercutidas por el mero hecho de su consignación en la autoliquidación presentada sino que habrá que determinar la cantidad efectivamente ingresada en el caso concreto.
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